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从清华毕业，潘爱民来到了一墙之隔的北大，在北京大学计算机研究院工作，正式开启了软件开发生涯。初入工作，潘爱民将所有精力放在了研究windows系统的应用开发上，在1994年-1997年间，他彻底攻破了windows系统的应用开发。随后，由于身体原因，潘爱民被迫从一线研究岗位撤了下来，改为研究com。
2001年的初春，经历了几年研究开发生涯后，潘爱民积累了不少关于程序开发和研究的技术和经验。于是，在和北大计算机系协商过后，决定由潘爱民来承担研究生COM课程教学。在平时的研究中，潘爱民就经常与同事们分享自己在开发中的心得和经验，所以这次他便想将自己在开发和研究中的技术及经验分享给北大的研究生们。
这是他人生中第一次站在北大的讲堂正式的给北大的研究生们讲课。虽然已经准备得十分充分，但紧张是不可避免的。时间快到了，他快速的走进理科楼，向礼堂走去。一路上，他忐忑不安，头一次在这么大的场面下讲课，面对的又是不少优秀的北大学子，压力不大是不可能的。进入讲堂，往下一望，讲堂里坐满了人，有些还坐到了地上，这些人并非全是北大学生。有的是外校的学生比如清华或者北京理工大学，有的是因为看了潘爱民老师写的或者翻译的书，慕名而来。这么多的人，让潘爱民顿时感觉压力山大，一个个认真求知的眼神，让潘爱民意识到自己的责任，他更加认真了。“大家好，我叫潘爱民，今天给大家讲一讲计算机的组件技术。”因为这项技术在当时属于非常前沿、前瞻性很高的技术，所以非常多的学生都希望能够学习这门课程。潘爱民继续讲了下去，一切都非常顺利，随着内容的深入，他变得不那么紧张，与学生的互动也越来越多。就这样，两个半小时的课程在不知不觉中过去了。即使到现在，聆听那堂课的学生都成了社会中的精英，他们中的许多人也还会提及潘老师的那节课。
此后，潘爱民继续在北大边研究、边教课。直到2004年，他离开了北大，去到微软亚洲研究院，进行深入研究，虽然后续他没有再回到北大专门讲课，但依然会时不时去到大学做讲座，他还曾教过非常知名的清华软件实验班即姚期智班呢。
这堂课，不仅仅只是他人生中正式讲课的第一节，也是他从纯粹研究到边教书边研究的转折点，即使到现在他也依然在为中国培养人才努力着。他培养出来的一批批学生，有的到大公司成为了高管，有的继续留在北大研究计算机科学为中国计算机科学的发展做出卓越贡献。